Organisation und Trägerschaft
Das Stadtmuseum ist eine kulturelle Institution, die von der Ortsgemeinde Rapperswil-Jona sowie der Stadt (politische Gemeinde) gemeinsam getragen wird. Beide Gemeinden übernahmen zu gleichen Teilen die Kosten für den Umbau 2010/12 und finanzieren den laufenden Betrieb. Die Federführung liegt bei der Ortsgemeinde als Besitzerin der Liegenschaft (Ressort Museen).
Für die strategische Ausrichtung des Stadtmuseums ist der Museumsrat zuständig. Präsidiert wird dieses Gremium von der Ressortleiterin Museen des Ortsverwaltungsrates. Dem Museumsrat gehören je zwei Vertreter der Ortsgemeinde sowie der Stadt, vier Fachleute und der Museumsleiter in beratender Funktion an. Letzterer ist für die operative Leitung des Museums in betrieblichen wie inhaltlichen Belangen zuständig.
Mitglieder des Museumsrates:
| Michaela Sprotte | Ortsgemeinde Rapperswil-Jona, Verwaltungsrätin, Ressort Museen (Präsidentin) |
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| Francisca Moor | Stadt Rapperswil-Jona, Leiterin Kulturverwaltung | |
| Regula Pöhl | Stadt Rapperswil-Jona, Vertretung Schule | |
| Peter Fux | Direktor Historisches u. Völkerkundemuseum, St. Gallen | |
| Frank Roskothen | Architekt | |
| Pascale Sutter | Leiterin Schweizerische Rechtsquellenstiftung | |
| Mark Wüst | Leiter Stadtmuseum |